近作では、98年、伶楽舎の委嘱で作曲した雅楽「月の位相」が、東京で初演のあとドイツ、スペインなどのヨーロッパ各地で、日本音楽集団の委嘱で作曲した「遊月記」が、東京で初演のあと、アメリカ各地で演奏された。
作品は、オーケストラなどの洋楽器、日本の伝統楽器、コンピュータ音楽の3つを主要な柱とし、素材を自由に駆使した作曲活動を展開、とりわけ日本の伝統音楽との関わりから生まれた多数の作品が注目を集めている。
主要作品は、松山バレエ団委嘱のバレエ「新当麻曼荼羅」(87)、スイスのチューリヒ・コンピューター音楽祭委嘱の「聲明による・綴れ織り�氈v(88)、国立劇場委嘱の正倉院の復元楽器のための「法勝寺塔供養」(88)、邦楽器群のための「地響風韻」(90)、聲明のための「球形の悔過」(92)、インターリンク・フェスティバル委嘱の「砂の都市」(91)、ピアノのための「光の残像��-signals to those unknoun」(92)、国際コンピューター音楽会議(ICMC)開会式のための「火の道」(93)、ＮＨＫ交響楽団委嘱の「崩壊の神話」ーオーケストラのための(95)、国立劇場委嘱の「西行―光の道」ー雅楽、聲明、古代楽器のための（95）、聲明とパルサー波によるコンピュータ音楽のための「虚空星響」（96）、伶楽舎委嘱の「月の位相」ー雅楽のための(98)、日本音楽集団委嘱の「遊月記」ー邦楽器群のための(98)、トルリーフ・テデーンと小川典子によってスウェーデンでレコーディングされた「星群II」ーチェロとピアノのための(98)などがある。
また、劇音楽作品としては、吉田憲二監督の映画「想い出のアン」、押井守監督のアニメーション「天使のたまご」、デヴィッド・ルボー演出の芝居「双頭の鷲」、ＮＨＫスペッシャル「マルチェロ マストロヤンニのフィレンツェ・ルネサンス」、ＮＨＫ大河ドラマ「炎立つ」、NHK正月ドラマ「命捧げ候」、アニメーション映画「賢治のトランク」、NHK金曜時代劇「新・半七捕物帳」などの音楽を担当。また、ハイビジョン作品「交響詩：遙かなる流れの郷ー胆沢」が97年、シカゴ国際映画祭ドキュメンタリー（科学・自然）部門、ゴールドプラーク賞受賞。サッポロビール北海道工場（恵庭）の空間環境音楽や、サッポロ・ファクトリーの環境音楽（いずれも常設）なども作曲、多彩な活動を展開している。
ＣＤとしては、菅野由弘第一作品集“RESOUNDING SPHERE ��-星の死”(FOCD-3128)、
第二作品集“RESOUNDING SPHERE -�砂の都市”(FOCD-3184)、第三作品集“RESOUNDING SPHERE �｡-崩壊の神話”がFONTECより、“虚空星響-A Voice,The Pulsar-Ensphere” (COCO-80097)がDENONより発売されている。またＮＨＫスペシャル「フィレンツェ・ルネサンス」、ＮＨＫ大河ドラマ「炎立つ」、ＮＨＫ・ＢＳ-2「世界美術館めぐり」、NHK金曜時代劇「新・半七捕物帳」のＣＤもデータム・ポリスターよりそれぞれ発売されている。